A Budapesti Közgazdaságtudományi Egyetem tekintélyes professzora 1997-ben lett a Széchenyi István Egyetem vezető oktatója, s 2006-ig volt az intézmény munkatársa.
Az Egyetem és az Universitas-Győr Alapítvány 3+2-es egyetemi programja keretében dr. Kupcsik József professzor hívására jött dr. Zelkó Lajos Győrbe számviteli és pénzügyi tárgyakat tanítani. Közben szervezte a szaktanszéket, eredményesen koordinálta a tanterveket, az oktatói kar kialakítását. A győri közgazdász szakra felvett hallgatók 3 évig főiskolai képzésben tanultak, s a legjobbak mentek tovább a 2 éves egyetemi szakirányokra. Az első széchenyis közgazdász egyetemi diplomát 1999-ben adta ki a Széchenyi István Egyetem.
Dr. Zelkó Lajos külföldön, főként az Amerikai Egyesült Államok piacvezető egyetemein vendégprofesszorként, szakmai világszervezetekben tanácsadóként szerzett ismeretei, tapasztalatai jó elméleti és gyakorlati alapot, példát adtak a széchenyis közgazdászképzés kiteljesedéséhez, megszilárdításához.
“Kollégái, hallgatói a csendesen és hatásosan érvelő, mindig segítőkész, közvetlen, derűs életszemléletű professzorukat gyászolják” – olvasható az egyetem közleményében.