A megye legnagyobb veszélyforrása a Rába folyó. Egy része ma már szabályozott, de ez nem állja útját az árnak. A folyó árvízének pusztításáról először 1226-ból maradt fent írásos dokumentum, ami arról tanúskodik, hogy már akkor gátakat és vízelvezető csatornákat építettek védekezésül. 1636-ban törvényt hoztak arról, hogy a medret ki kell takarítani és védekezni kell az árvíz ellen.
A 19. században szabályozták a Rábát
1870-ben Szombathelyen tartottak egy tanácskozást a Rába szabályozásáról és arra kérték a kormányt, hogy készíttesse el a terveket, a munka azonban hosszú ideig elhúzódott. 1879-ben ismét óriási árvíz pusztított, négy évvel korábban ismét kilépett a folyó a medréből, a legnagyobb pusztítást Győrben okozta, ahol emberek ezreit kellet kitelepíteni.
1893-ra alapjában véve befejeződött a szabályozás. 1900-ban egy nagyobb árvíz átszakította ugyan a töltést, és 30 ezer hektár került víz alá, de az 1910-es, 1925-ös és 1963-as áradások nem okoztak komolyabb bajokat. Az 1965-ös, máig emlékezetes árvíz több helyen gátszakadást okozott, de a gyors apadás miatt ekkor sem történt komolyabb kár.
A 80-as évek második felében betonból építettek támfalakat Szentgotthárd belterületi szakaszán, később Körmenden is. A 90-es években Szentgotthárd mellett készült el a vízapasztó vápa, azóta a Rába csak fenyeget, igaz., ezt elég gyakran teszi, átlagban évente kétszer, a tavaszi olvadáskor és az őszi esőzésekkor. Legutóbb az idén februárban 
Támad a víz: képek és videók Körmendről és környékéről 2013. February 27. 09:10 .
Az utcákon is víz folyt
Szombathelyt a Perint és a Gyöngyös patakok fenyegetik árvízzel. Érdekes egyébként, hogy tulajdonképpen egy patakról van szó, ami a velemi hegységben ered, és a mai Gencsapátinál válik ketté, a keleti ág a Gyöngyös, a nyugati a Perint. A feltételezések szerint a rómaiak választották ketté a patakot, és építették ki a nyugati, a mai Gyöngyös medrét, azért, hogy a városban több helyen legyen vízkivételi hely. A két patak Szombathelytől délre egyesül, és torkollik a Sorok patakba, majd a Rábába.
A két patak mindig is veszélyeztette a környező településeket, a legnagyobb dokumentált árvíz 1965-ben volt, amikor a Perint elöntötte az egész várost, hidakat sodort el, elmosta a meder falát, az utcákon félméteres víz hömpölygött. Az alábbi galériában néhány fotó látható erről, a képeket Kaczmarski Béla készítette, és a Nyugat-dunántúli Vízügyi Igazgatóság anyagából származnak.
A 65-ös árvíz után merült fel először a lukácsházi víztározó gondolata, de akkor nem tudták megépíteni, így maradt a Perint medrének mélyítése, akkor alakult ki a most is látható mégy és széles meder, a hosszú hidakkal. Azóta a Perint csak veszélyeztet, de komoly árvíz Szombathely belterületén nem alakult ki.
Továbbra is valós veszély
2010-ben aztán átadták a lukácsházi víztározót, ami úgymond „bevédi” a két patakot, nagyobb árhullám esetén is csak akkor mennyiséget enged tovább, amit a két meder le tud vezetni. Persze, az árhullám itt is látszik, elsősorban az Aranypatak miatt, ez ugyanis a víztározó után ömlik a Perintbe, így annak vízhozama nincs szabályozva. Legutóbb itt is áprilisban készülhettek árvizet jósló fotók.
A tavaszi és az őszi esőzések azért megemelik a két patak vízszintjét, éppúgy, mint a megyét érintő többi patakét is, a helyzetet erős esőzés esetén a belvíz is nehezít. Az árvíz továbbra is valós veszély, az más kérdés, hogy a miniszterelnök által történelminek minősített árvíz nagy része elkerüli Vas megyét és Szombathelyt.
