Ez az a szombathelyi épület, amelynek külseje lényegében a barokk korszakra történt átalakulása óta állandó, és így a város egyik emblematikus építészeti alkotásaként majd minden útikönyv címlapképének esélyese. Az 1348-as pestisjárvány idején a helyén még egy Szent Antalnak emelt kórháztemplom és ispotály állt. A ferencesek 1360-as letelepedésükkor kapták meg, gótikus stílusban megújították és mellé kolostort is építettek. A XVI. században történt elűzésük után egy ideig gazdátlanul állt, hitújítók használták - a ferencesek 1630-as a visszatérésükkor kapták vissza.
Páduai Szent Antal helyett ekkor már Árpád-házi Szent Erzsébet volt a védőszentje. Az 1716-os tűzvészben ez az épület is elpusztult, az újjáépítésére pedig 1731-ig kellett várni. Átalakítások később is történtek, például 1762-ben a kórus alatti részen ajtót nyitottak és két kápolnát alakítottak ki. Maga a templom egyhajós, keskenyebb átmérőjű szentélye sokszögzáródású. A déli oldalon húzódó folyosójáról lehet bejutni a szentély mögötti sekrestyébe, az emeleti oratórium folyosójára és a kórusra. Barokk stílusú, kettős hagymakupolás tornya a szentély mellett az északi oldalon áll.
A templom alapstílusát a letisztult, mértéktartó ferences hagyomány szabta meg: simára vakolt, sárga színezésű külső falai szépen hangsúlyozzák az épület nyugodt szerkezetét. A Savaria tér irányából háromlépcsős támpillérek tagolják. A nyugati oldalon lévő félköríves főkapuja késő reneszánsz bélletű, de már barokk stílusjegyeket mutat. Felette az épületet a rendnek visszaadományozó Senyei István püspök címere, a timpanonban pedig Szent Erzsébet barokk keretezésű fülkeszobra látható. Az oldalfolyosó kőkeretes ajtaja egyszerűbb kiképzésű - e felett Szent Ferenc fülkeszobra található.
A hajó barokk fiókos dongaboltozatú, a szentély bordás boltozatú. A középkori belső berendezésből nem maradt semmi. A barokk újjáépítés belső festése nem ismert. A szentély északi és déli oldalát egykor freskók díszítették, de ezeket csak töredékekben sikerült restaurálni. Művészettörténetileg és a várostörténet szempontjából is jelentős Dorfmeister István Szent Flórián-oltárképe, amely az 1749-es tűzvész emlékére készült (eredetileg a vártemplom számára). A festmény a Gyöngyös és a Perint patak közé épült, pár utcából álló, kétezer fős várost ábrázolja: a piactérrel és várostoronnyal, a vártemplommal és belső várral, a városkapukkal - és a falakon kívül elhelyezkedő ferences és Szent Márton templomokkal.
A templom kriptájában nyugszik a barokk Szombathely építésze, Hefele Menyhért és a templomot a ferenceseknek visszaadományozó Senyei István püspök és királyi kancellár. A rendház földszintje a templommal egy időben, eredetileg gótikus stílusban épült. Az emeletét a XVII. században már barokk stílusban húzták fel. A kolostorszárny külső kiképzése nyugodt, díszítések nélküli, ablakai egyszerű vakolatkeretes kiképzésűek. 1945-ig itt corvinákat is őriztek, amiknek akkor nyomuk veszett. A rendház pincéjében 1983 óta magyaros kínálattal dolgozó, karakteres hangulatú étterem és söröző működik.
